素朴な疑問なのですが、今回の改正薬事法により、通信販売が大幅に変更になりましたが、それとは別にプロたんのお店も業務形態が変更になるのでしょうか？

たしかに通信販売は大幅に変更となりました。
しかし、プロたんのお店そのもの、つまり実店舗における販売業務そのものには全くと言ってよいほど変更はないはずです。
あえて言えば、陳列場所がリスク分類により分けられた、さらに医薬品の情報提供がより具体的になったということぐらいで、特に大きな変動はありません。

以下、一般的に変更になった件につき、一覧資料をあげておきます。
ご参考にしてください。